Aunque no se puede concretar la exactitud del origen de este monumento, se cree que fue una congregación de agustinos que formaron un hospital para peregrinos en el siglo XI.

Aunque entre los siglos XII y XIII fue habitada por la orden premostratense no se conserva nada de esta época. En los siglos XVI y XVIII alcanzó su máximo esplendor, a los que pertenecen las construcciones actuales caracterizadas por el color rosado típico de la piedra del valle de Baztan.

A lo largo de los años el monasterio ha sufrido un par de incendios: en 1526 y en 1973.

Del antiguo monasterio se conservan la iglesia y el claustro. En su interior se expone una colección de pintura y escultura contemporánea. Sobre el claustro, se ubica el museo del monasterio donde a través de audiovisuales y paneles expositivos se muestra las historias de Urdazubi/Urdax, su vinculación con el Camino de Santiago y su pasado monástico.

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